在《魂斗罗归来》中,剧情模式是游戏的主要模式,通关主线剧情可以拿到强力的人物和道具,剧情模式的敌人不单单是普通的人类,还会有机械兵、丧尸、外星人等等,这些敌人的攻击方式和血量都不一样,对各种武器的抗性也不一样,机械兵不吃子弹伤害,用爆炸类的武器可以将其消灭。丧尸之谜的敌人以丧尸为主,保护剧情人物不被杀害即可通关。
丧尸之谜的敌人是各种各样的丧尸,有人形丧尸和动物丧尸,人形丧尸分为普通丧尸、武器丧尸、酸液丧尸、范围丧尸,动物丧尸主要是丧尸狗。普通丧尸是最常见的一种丧尸,伤害虽然不高,但是数量较多,容易将角色包围;武器丧尸可以使用武器,最强的是用电锯的丧尸,近战伤害极高,最好保持一定的距离,血量在一半以下会被秒杀;酸液丧尸会吐出酸液,地上会形成酸液水渍,触碰到会持续掉血,减少移动速度;范围丧尸没有攻击能力,它会增强附近丧尸的能力,包括伤害和移动速度,范围丧尸需要优先解决。
武器选择两把大口径的自动步枪,保证火力充足,手雷选择高爆手雷,高爆手雷的伤害高,可以用来突破包围圈。没有两把大口径自动步枪的玩家,可以选择一把榴弹发射器,榴弹发射器属于爆发武器,二十发弹药足够通关,不用过于节省。
通关需要护送研究人员,保证研究人员不被杀死,最好不要和研究人员拉开距离。在自己或者研究人员遭到大批丧尸包围时,要及时拿出手雷或者榴弹炮解围,研究人员不会受到友军伤害,可以放心使用。前半部分丧尸会以主角为目标,后半部分以研究人员为目标,前期尽量保证自己能够活下去,不要损失太多的血量,后期需要用榴弹发射器开路,确保研究人员的血量在百分之五十以上。最后一段路程的丧尸较多,只凭借枪械伤害无法击杀,需要开启角色技能,角色技能一般为增加武器伤害和生命值,这里可以再选择一个拳脚伤害,防止没有子弹的情况。到达目的地后,研究人员会有一分钟的修理时间,一分钟内丧尸会疯狂进攻,将剩下的手雷全部用出,最后十秒会出现大量电锯丧尸,一定要留好弹药,否则只能和电锯丧尸肉搏,很容易死亡。